Desde 1986, el FBI tenía sospechas de la participación de Manuel Bartlett en el asesinato de “Kiki” Camarena, y ahora una investigación desclasificada lo confirma. Los periodistas Juan Alberto Cedillo, Ieva Jusionyte y Ioan Grillo lograron acceder a documentos que señalan a Bartlett como colaborador del Cártel de Jalisco, junto a Ernesto Fonseca Carrillo y Rafael Caro Quintero. Aunque el titular de la CFE ha negado cualquier involucramiento, exagentes de la policía de Jalisco lo señalan como colaborador del narcotráfico.
En noviembre de 1984, un decomiso de miles de toneladas de marihuana en el rancho El Búfalo, propiedad del Cártel de Jalisco, desencadenó el secuestro y asesinato del agente de la DEA, Enrique “Kiki” Camarena. Se creía que Bartlett informó a los líderes del cártel sobre la infiltración de Camarena en la organización, lo que provocó su venganza. Aunque el exagente Héctor Berrellez ha sostenido esta teoría, Bartlett siempre ha afirmado que se trata de un complot en su contra y nunca se ha probado su responsabilidad en el asesinato.
La investigación también menciona la posible complicidad de Bartlett en actividades de protección contra narcóticos en la Ciudad de México, a través de corrupción y extorsión. Aunque se tratan de solo sospechas, el documento interno del FBI concluye que estas actividades benefician a los líderes del gobierno mexicano. Ahora, el nombre de Manuel Bartlett se suma a la lista de funcionarios relacionados con el narcotráfico, en uno de los casos más controversiales y violentos de la historia mexicana.